商阜铁路亳州段北起谯城区芦庙镇，南至谯城区古城镇，全长67公里，沿线经过芦庙、华佗、汤陵、薛阁、十九里、赵桥、双沟、古城8个乡、镇、办事处。
1982年，铁道部第四勘测设计院到亳县搞经济调查，亳县提供县情基本资料。1983年，国家计委下达京九铁路衡水阜阳段设计任务书。1984年5月21日，亳县成立支援铁路建设指挥部。1985年，争取国家立项。1986年3月，国家计委将兴建商阜铁路列入1986年国家建设计划。1987年2月，定成商阜铁路建设招标工作：3月，施工单位（铁道部第十四工程局）陆续进入施工现场：7月4日，国家计委批准商阜铁路开工建设。
1988年，国家实施治理整顿经济发展战略，收紧银根，缩小贷款。亳州市人民政府做沿线群众工作，延缓征地补偿费的兑现，先后向施工单位提供500多万元资金援助。同时，市政府响应国家“人民铁路人民建”的号召，紧急动员10万民工，突击筑路土方，仅用20天时间，完成境内6.72万方的路基任务。同年8月26日铺轨。
1989年3月，商阜铁路完成线下工程，全段铺轨贯通；10月1日通车。1992年7月22日，铁道部复函批准商阜铁路正式运营；10月1日，商阜铁路正式临管运营。
1989年5月3日，亳州市成立铁路专用线领导小组。亳州境内建货物专用线5条，其中亳州站2条、王楼站1条、古城站1条、刘营站1条，总长2488米。货运设施有货场5个（总面积11365平方米），零担、整车仓库5座（面积3010平方米）。
亳州站日发车60余次，可抵达北京、南京、上海、杭州、青岛、太原、郑州等大中城市。1998年，铁路客运量32.6万人次，货运量45万吨。地级亳州市成立后，亳州火车站客、货运输量猛增，截至2009年底，累计发送旅客790.48万人次，发送货物208.09万吨（不含2009年货运量）。
2008年8月，商阜铁路亳州段实施电气化改造，2009年11月完成。（陈显锋 整理）
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