20世纪80年代，亳州市酿酒、卷烟、医药、纺织和饮料、食品加工等工业发展较快，各类专业人才短缺。为适应亳州市与阜阳地区其他市县工业发展的需要，1987年，亳州市人民政府与合肥工业大学协议，经安徽省教委批准，在亳州市开办合肥工业大学亳州大专班，校址设在市南郊五里窑，10月13日举行开学典礼，学校面向阜阳地区每年招收国家计划内委培生，指标由合肥工业大学拨给。
1988年招收发配电专业学生41人；1989年，因受国家调整招生计划、压缩委培指标政策影响，未招生；1990年，招收应用电子技术专业学生30人。1993年更名为合肥工业大学亳州教学点。2003年在此基础上成立亳州职业技术学院。
2000年11月，安徽省人民政府组团考察亳州市申办职业技术学院情况；2001年5月，安徽省高校设置专家评审组同意筹建亳州职业技术学院，并挂靠省内一所高校招生；2001年9月2日，亳州职业技术学院（筹）挂靠皖西学院招生；2003年6月18日，安徽省人民政府正式批准成立亳州职业技术学院，9月30日，亳州职业技术学院正式挂牌成立。
目前，亳州职业技术学院占地面积560亩，总建筑面积23.2万平方米，设有药学院、医学院、教育与管理学院、信息工程系、智能工程系、建筑工程系等6个二级院系42个专业，学校在校生7300人。
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